Né le 8 juin 1867 à Colmar, Jean-Baptiste Lemire est le fils d’un maçon (1844-1909), son parfait homonyme, et d’Anne-Marie Sarter (1848-1924), couturière. L’annexion de l’Alsace par l’Empire Allemand contraint la famille à déménager dans le Doubs, tout près de la frontière. Il a trois frères : Alfred (1874-1939), Eugène (1876-1945) et Julien (1878-1918), ainsi que deux sœurs, Cécile (1880-1975) et Juliette (1885-1966).
Ils vivent pauvrement, et Jean-Baptiste entre à l’âge de 16 ans dans l’actuelle usine Alsthom. Embauché comme ajusteur, il peut aussi y jouer du trombone et développer ainsi son goût pour la musique. L’environnement familial est d’ailleurs propice à cet épanouissement : chaque dimanche, les enfants Lemire répètent ensemble sous la direction du père.
En 1888, Jean-Baptiste est alors installé à Belfort. Il s’engage cette année dans l’armée en tant que musicien. Il part ainsi en campagne, du 24 avril 1897 au 13 juin 1900 (Madagascar) ou encore à Tonkin (actuel Vietnam) du 1er août 1901 au 19 août 1902. Il gravit progressivement les échelons et après plusieurs ré-engagements, il devient chef de la fanfare de Toulon le 15 juillet 1903. En 1913, après près de 30 ans d’engagement, il quitte l’armée (depuis 1903, il avait quitté le service actif).
Il entre au conservatoire de Lyon le 24 octobre 1893 et y reçoit après moins d’une année le premier prix de flûte traversière. Peu avant son départ pour Tonkin, Jean-Baptiste Lemire épouse Marie Ducreux (née en 1876), mais elle décède peu après des suites d’un empoisonnement alimentaire à Haiphong. Il se remariera le 9 juin 1903 avec Marthe De Laere, peintre, mais ils divorcent après moins d’un an. Il dirige ensuite plusieurs orchestres d’harmonie : à Saint-Claude, à Lyon, à Morez,...
Le musicien dirige bien, quoique de manière jugée assez militaire. Encore une fois, Jean-Baptiste se remarie (avec Marie Sutter), pour encore s’en séparer et épouser une jeune femme de presque 20 ans, Élisabeth Romeuf, avec qui il aura un fils né hors-mariage, Jean, en 1917.
Jean-Baptiste Lemire décède le 2 mars 1945 à l’hôpital de la Flèche dans la Sarthe. Peu connu de nos jours, il fit l’objet à la fin des années 1990 d’une étude menée par le musicologue Henri Ricard.