Baptisé dans le Sussex le 25 octobre 1576, Thomas Weelkes étudia au "New College" d’Oxford et obtint son diplôme de musique en 1602. Cette même année, il sera nommé organiste de la cathédrale de Chichester. En 1603, il épousa Elizabeth Sandham. Puis, à cause de son ivrognerie et d’un comportement limite, il tombe en disgrâce auprès du chapitre de Chichester qui, logiquement, le renvoie en 1617. Weelkes finit sa vie à Londres, où il meurt le 30 novembre 1623, après avoir écrit un testament qui indique une (fin de) vie précaire.
Son œuvre est restée connue de nos jours surtout grâce à ses madrigaux et pièces religieuses. Cependant, on ne publia pas beaucoup de sa musique religieuse après 1602 et beaucoup en fut perdu par la suite : seuls trois de ses dix arrangements du service anglican ont pu être reconstitués à partir des pièces conservées. Il fut avec Thomas Morley l’un des grands représentants de son école.